Да знают они все :)
Этого не видно.

tun адаптер у Вас есть
[root@vpn /]# ls /sys/devices/virtual/net/
lo tunl0 venet0
Не очень понятно, почему он tunl0. Но, может, они и правы, что есть.
разбираться как работают скрипты из /etc/net/scripts/ мы не будем, но ошибка
видна сразу - ip_conntrack_ftp такого модуля давно нет, а есть модуль
nf_conntrack_ftp.
Я уже писал, что эту ошибку они могут распечатать на бумажке, свернуть в трубочку и засунуть куда-нибудь. Она к делу отношения не имеет.

(можно им ссылку на это моё сообщение послать)
Хотя, сама по себе, может быть следствием недостаточно нового ALT. Какая версия стоит и что показывает uname -a ?
2. Командой ifup туннельный интерфейс не поднимают, он появляется при старте
сервиса обслуживающего vpn.
Если они не хотят разбираться с etcnet, пусть не порят чушь про ifup. В отличие от всяких netscripts, etcnet умеет многое, и это в том числе.