Боюсь, тут надо само меню патчить на предмет изменённых зависимостей (вместо gnome теперь mate).
А, например, взять уже работающее в минте под Mate? Там у меня по ссылке есть минтовский репозиторий.
Оно, собственно, если мне не изменяет склероз, именно для Mate и делалось.