Я обычно запускаю файловый менеджер в режиме root и выставляю все необходимые опции.
По-моему, это простой и эффективный способ.
После перехода на KDE5 и для меня это обычный способ. Более того, в Dolphin можно надавить на F4 и получить одновременно и консоль и GUI-проводник. Ну а дальше chown (на своих папках и файлах root не требуется).
Болячка в том, что это кружение вокруг. Налицо потеря функционала с повышением версии. Бредовая ситуация. И толи, я чего-то не настроил. Толи предполагается другой порядок работы. Я не верю, что графический десктоп, по крайней мере в Альт, предполагает использование консоли. Это не Gentoo, все-таки.