В формате zip нет указания, в какой кодировке имена файлов - в какой архиватор их туда положит, в той и будет. А при разархивировании или просто при просмотре списка файлов в архиве приходится либо угадывать кодировку, либо тупо использовать локальную (а вдруг совпадёт).
В данном случае файлы архивируются сервером Яндекс, и вероятнее всего кодировка выбрана, чтобы у пользователей винды (т.к. их всё-таки большинство) не было проблем с русскими именами файлов.
Попробуйте в консоли глянуть список файлов в архиве через 7-zip
7z l имя_архива.zip
Если вдруг покажет нормально, то и распаковать можно им же (ключик x - полный список ключей выдаётся при запуске без параметров)