Если пакет скачали для другой платформы, то - да. Если скачали для той, которая установлена и если всё работает нормально, то - не обязательно. 
Вообще, сейчас показывает версию xclip version 0.13
Судя по всему - это та самая версия, которая устанавливается путём apt-get install xclip
Загрузочный пакет, который скачивал, подписан 0.12.. Видимо, хаотично, поставил и то и другое. Возможно просто не понял тонкости настройки xclip. Разберусь с apt-get, вернусь к этому вопросу