отдельный раздел под home выделен?
если да, загрузится с live, скопировать содержимое /home на внешний диск, зашифровать, скопировать все обратно
если нет, то:
вариант 1: сделать резервную копию, загрузиться в live, gparted-м уменьшить какой-то раздел где есть место, создать новый раздел, зашифровать, скопировать на него /home
вариант 2: создать крипртоконтейнер luks поверх файловой системы, перенести в него файлы из /home и монтировать в качестве /home
после всех манипуляций с шифрованием, для автомонтирования не забыть подправить fstab и crypttab
Если решили шифровать /home то также советую подумать над тем чтобы зашифровать еще и swap