AMD немного лучше по энергопотреблению, для NVIDIA вроде бы есть такое мнение, что драйвера под linux получше будут, или это для современных видеокарт старое предубеждение.
1. Начнем с того, что данные видеокарты не являються равными по производительности, аналогом производительности GTX560 (не Ti версии являеться 6870, аналогом 6850 - GTX 460(старшая). Енергопотребление у AMD лучше (в режиме полной загрузки).
2. ИМХО Поддержка 3D графики лучше в проприетарных драйверах NVidia, чем в проприетарных драйверах AMD/ATI. Поддрежка 2D графика лучше в свободных драйверах AMD/ATI, чем в свободных драйверах NVidia.
На работе айтишники советуют два жестких диска брать, меньшей ёмкостью и побыстрей для системы и большой ёмкости помедленней для хранения архивов. В этом случае При установке системы нужно будет диски руками разбивать или допустим kdesktop 6.0 (когда выйдет) автоматом разметит?
Если у вас есть возможность поставить систему на несколько дисков - это просто замечательно, разбить их необходимо будет вручную, так как вы это видите, самыми быстрыми на сегодняшний день (за нормальные деньги) являються HDD на 1 Тб (самсунг/ сигейт), SSD диски брать не советую - дешевле, надежнее и производительнее сделать RAID/