У меня такие тормоза на машине с сизифом воспроизводятся. Причем, раз на раз не приходится. Иногда compiz --replace срабатывает хорошо, иногда начинаются жуткие тормоза. Я, правда, грешил на нвидиевский блоб, но так как с нуво на этой машине компиз не заводится, то проверить свою теорию не могу. Если у вас проприетарные драйвера нвидия, то попробуйте с нуво - если и там будут тормоза, то это бага компиза, иначе - драйверов нвидия.
