Если к файлу есть доступ на чтение у сервера, то при наличии в нём правильно оформленного php кода, этот код будет отработан модулем (если он есть и запущен). Достигается это тремя способами.
1. Файл принадлежит пользователю apache2 и может им читаться
2. Файл принадлежит вам, и группе apache2 и может читаться группой
3. (самое плохое) файл может читаться всеми
При необходимости записи в файл/каталог рассуждение аналогично