Скорее всего, какой-то скрипт при загрузке устанавливает свои значение, игнорируя пользовательские настройки.
У меня, к примеру никак не менялось значение vm.dirty_bytes, установленное в sysctl.conf(сбрасывалось после загрузки на дефолтное). Как я выяснил, на настройки влиял файл системный файл laptop-mode. Я его просто сделал неисполняемым, хотя я и мог его подредактировать.
А вот на твои настройки может влиять файл harddrive. Если Вы собираетесь его модифицировать, то обдумайте возможные последствия.