правильно ответил вторым абзацем.
Нет, не правильно.
То что вы описали делается несколько проще, чем вы описали.
Можно поставить lilo/grub/etc в BOOT Сектор (а не в MBR Сектор, тогда ничего восстанавливать не придется, но это не принципально)
потом этот сектор скопировать в файл и подсунуть в BOOT.INI.
И это точно будет работать, при условии, что когда BOOT.INI и /boot на одном физическом диске.
Возможно это будет работать, что BOOT.INI на одном винте, а /boot на другом, но когда ставили линукс в системе присутствовали оба винчестера. Еще раз подчеркну, возможно. Без просмотра кода тут точно не ответишь.
Но это точно не будет работать, когда BOOT.INI на одном винте, а /boot на другом, при этом когда ставили линукс винт с виндой физически отсутствовал.