выставил необходимое, пару раз перезагрузился
Перезагружаться не надо. Просто перезапустить иксы:
Завершение сеанса - выход. И потом опять зайти.
Отличие служб:
1) В центре управления устанавливаются глобальные параметры для всех юзеров, а так же пределы разрешения. То есть настройка аппаратная.
2) В KDEшной или GNOME менюшке устанавливаются пользовательские параметры.
HorizSync 24.0 - 66.0
VertRefresh 50.0 - 100.0
Вертикальные параметры поставьте на 60. Попробуйте пределы 60.0 - 70.0
В общем если частота вертикальной синхронизации меньше 60 то изображение смещается влево, а если больше 60 то вправо.
Аналогично кстати и с горизонтальной синхронизацией.
Вообще, причина в мониторе.