просто отформатировать внешний диск,
Под какую ФС вы это делаете? Расскажите нам под какие нужды вам это нужно и мы дадим совет. Лучше всего загрузитесь - если есть - в рабочую систему linux (включая подключенного внешнего винта), если нет. то с live cd и дайте команду от рут (
su -)fdisk -l
чтобы понять конфигурацию вашего железа и расскажите, что в итоге вы хотели бы видеть.