Если устанавливаемый дистрибутив не сильно отличается от предшественника(типа наличием кде-3 или кде-4), то,как вариант, для сохранения настроек достаточно держать /home на отдельном разделе диска и не форматировать его при установке, ну и после не попутать uid-ы.
При установке программ из репозитория они остаются,как правило, в /var/cache/apt/archives/... Ну, тут варианты - скопировать куда-нибудь, воспользоваться советом zerg-а , переписать список вручную или скомбинировать все вышеизложенное. Как-то так...
PS А настройки скинуть в архив - tar -czvf /home/etc_old.tgz /etc
и вытаскивать оттуда по мере надобности конфиги....