А вы смотрели, какая файловая система применялась при форматировании ? В linux'е по умолчанию не используется ни ntfs ни fat. Поэтому, скорее всего, и не увидит винда флешку, потому что кроме фат и нтфс винда никакие файловые системы больше не поддерживает. Если вам нужна флешка и в виндовсе, то форматируйте средствами виндовса. linux с этой файловой системой работать умеет.
