Пардон, что вмешиваюсь. У меня тоже такая проблема, только никаких дополнительных панелей нет, тем не менее значки с рабочего стола через раз исчезают. KDesktop 6.02, обновленный из t6. Еще может не совсем в тему, но тоже слегка раздражает - после запуска полноэкранных приложений сбивается высота панели задач, я ее ставлю поуже, а она возвращается, как после установки системы.