т.е. в альте alternatives нерабочие и присутствуют непонятно для чего?
Откуда такой вывод?
alternatives, как я понимаю указание на openjdk вот и всё, а рабочие они или нет зависит от конкретных условий. Если у вас нет требования на проживание в одной системе двух разных java-машин, то логично оставить одну во избежание путаницы. Отсюда и взялась фраза о том, чтобы удалить openjdk под корень.
Немного теории. java - это исполняемый файл. Если нужно сделать что-нибудь в java то в терминале(а значит и при вызове самой системой) набирается команда вида:
...] java MainClass param1 param2
здесь MainClass указание на исполняемый файл java,а param передаваемые ему параметры. Соответственно система(Linux) ищет файл java в местах, указанных в PATH. Если первым найдётся java из пакета openjdk - класс исполнится ей, если первым встретится бинарник java от oracle, то класс исполнится им. Вывод - хочешь по умолчанию выполнение openjdk оставь в PATH ссылки на бинарники из alternatives. Нужно выполнять программы java-машиной от oracle - в PATH должны быть указаны бинарники от orcle.