Да в fp отлаживаются программы.
У меня (Альт Образование 9.0) и программы на Lazarus отлаживаются:
1. Открываю новый проект
2. Ставлю на форму кнопку, кликаю на ней два раза.
3. В редакторе набиваю Form1.Close;
4. Нажимаю F5, ставлю точку останова.
5. Нажимаю F9 (собираю), нажимаю на кнопку, стрелочка на точке останова. На панели выбираю пошаговое выполнеие и перемещаюсь по исходному тексту.
6. При нажатии на p9 выполнение программы (и отладка) завершается.
Как Вы отлаживаете?