Что-то похожее было несколько лет назад, но я тогда точно "неправильно" - без демонтирования вытаскивал флешку, а затем на другом компе переписывал файлы, затем при повторной установке она монтировалась туда-же и вот удаленные файлы помечались крестиками. Так что совет у меня только такой(не обязательно верный) - скопируйте данные на диск, затем отмонтируйте, примонтируйте, отформатируйте, проверьте целостность флешки и затем верните данные. где-то так...