Мой опыт работы с дистрибутивами ALT LINUX Centaurus 6-7 и Basealt Workstation 8 доказал, что файловый менеджер Krusader некорректно работает в средах GNOME и MATE.
Не будем вдаваться в глубину программного кода, а будем "зреть в корень".
Я рекомендую использовать файловый менеджер Double Commander QT4 (он доступен в репозитории).
Он также 2-х панельный, обладает почти идентичными свойствами и прекрасно работает в оболочках GNOME и MATE.
Можно ещё попробовать GNOME Commander, но он, на мой взгляд, менее функционален.