А что с ним могло случиться? Я как-то с php не работаю, я без понятия, что там случилось.
После обновления пропали ссылки на /etc/httpd2/conf/mods-available/mod_php5.... из
/etc/httpd2/conf/mods-enabled
Для их восстановления необходимо набрать команду:
# a2enmod mod_php5
Я не гарантирую, что ссылки сделанные таким образом (не настроенные через /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf) гарантированно переживут обновление (см. /usr/share/doc/apache2-*/README.ALT.ru_RU.KOI8-R).
Не исключаю, что могли пропасть ссылки и на
sites-available/...
Этот вопрос сейчас обсуждается в ветке BUG'а https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=19134
Там ответил болие подробно.