Слушайте, ну видимо ввиду моей лени, я нашел способ:
mkimage-profiles имеет 2 стадии сборки:
Стадия 1 - я так понял это загрузка и ядро
Стадия 2 - сборка собственно образа tmpfs. Так вот, в папке sub.in stage2 также есть папка files. Я почитал Readme в этой директории и выходит так что mkimage берет из этой папки файлы, которые будут использоваться в live системе.
Вроде все получилось.
Может конечно я не прав. Гуру могут меня поправить
Спасибо