На проблемной ВМ пишет, что команда не найдена
Вы же на ней загрузиться не можете? В rescue грузитесь, монтируйте, чрутьтесь.
Этот модуль нужно найти на проблемной ВМ?
прописать в /etc/initrd.mk как писал выше. Но не надо, так как:
На проблемной и рабочей ВМ сравнил модули командой lsmod - в обоих местах есть virtio_scsi
Значит, проблема в чём-то другом. Например UUID неверный указан в cmdline ядра.
Посмотрите в загрузившемся rdshell, что в /var/log/boot.log