В общем проблема решилась. Но она была совсем в другом, не в неправильном определении разъема.
Итого, вдруг кому пригодится, если делаешь уровень Internal Microphone в PulseAudio менее 40%, то внутренний микрофон начинает работать, обнаружил совершенно случайно.
Причём если подключить проводные наушники с микрофоном, то у них такой проблемы нет, работают на любом уровне.
Спасибо всем кто откликнулся.