Советую избегать checkinstall (актуально в основном в дебах, конечно) и аккуратнее с правами root.
Компилировал Qucs (вообще, какое-то проклятое ПО) и пытался установить через sudo checkinstall, но отменил. В результате система тут же перестала работать (все новые приложения перестали запускаться). Оказалось checkinstall перезаписал папку /lib (которая на самом деле симлинк на /usr/lib) на какой-то мусор. Хорошо, система с другого диска помогла разобраться.
Содержимое /usr/lib осталось цело. Просто папка lib перестала быть симлинком, а в ней появился файл, судя по всему с выхлопом xterm.
Аккуратнее с правами root. И sudo make install тоже плохая вещь. А checkinstall опасное глючное приложение.