Предложение звучит "Перезагрузитесь, чтобы обновить систему". Без альтернатив. Я теперь буду пытаться не перезагружаться, насколько возможно упираться.
А, вон про что речь... Тут такое дело. Если обновления скачаны и установлены, но перезагрузки не было, могут быть всякие подземные стуки в иногда плохо предсказуемых случаях, а именно при обновлении системных библиотек. Если произвольное приложение загружено, оно загружает в память и необходимые библиотеки. Если при обновлении такая библиотека обновляется, то в памяти остаётся и старая её копия, если приложение, запущенное до обновления, ещё активно. Это может иметь плохо предсказуемые последствия, но может и не иметь последствий вовсе. В принципе я после apt-get dist-upgrade перезагружаю систему далеко не всегда, хотя, может, и надо бы. Кстати, может быть ситуация, что и само приожение тоже обновляется, а работает старое. Отдельный момент: обновление многокомпонентного DE, того же MATE или KDE. Тут перезагрузиться, либо повторить вход в систему как минимум, всё же стоит.