Init-скрипт пишете ? Сложно сказать, но команда, сама по себе, достаточно примитивна. В основном, она рассчитана на обычные бинарники. Если запускается что-то с интерпретатором, могут быть нюансы. Я с Явой дела не имел, но с Perl приходилось разбираться.
Если через strace пустить start-stop-daemon, ничего не видно ? -v, опять же.