Как известно, пользовательские данные находятся в /home. Если /home на отдельном разделе - то всё прекрасно. Если uid-ы у "старых" и "новых" пользователей совпадают (например один пользователь в системе), то просто ставите заново систему, не форматируя /home, в альтернативном случае возникает задача сохранить содержимое /home (например, где-нибудь на внешнем диске c файловой системой ext3).