Ууу, вам надо бы почитать всякие статьи на сайте github, у них хороший хелп. Чтобы понять разницу между git и github.
Git - это система контроля версий. Сам github - это git-хостинг, а его веб-интерфейс это всего лишь так скажем браузерный клиент не только для самого git-репозитория, но и для всяких дополнительных сервисов типа issue-трекера (баг-трекер), wiki и т.д.
Я не скажу как работать именно в qgit, т.к. с git привык работать в консоли (а вот svn только через gui осилил). Но пароль от github не поможет вам в самом git-клиенте, это пароль именно для сайта. Для того чтобы работать с git - там авторизация по ssh-ключу. Вам нужно в github в своем профиле добавить свой публичный ключ, а url нужен не на сам проект. Там при просмотре проекта есть специальный git-url: read-only и на запись. Честно говоря все это очень тяжело описать в маленьком форумном сообщении, лучше почитайте хелп на самом github.
Короче ещё раз суть: логин и пароль github это только логин и пароль к самому сайту. А клиент git авторизуется с помощью ssh-ключа. Вам нужно сгенерировать новый ssh-ключ (если у вас его ещё нет) и добавить на github.com его публичную часть.
