Ну тода начинаю фантозировать ;)
Так как Вы все же выбрали вариант расшаривания папки в директории хоме, а для самбы по умолчанию там хомы юзеров,т.е. шара выглядит \\server\username, предполагаю что при обращении к серверу по пути \\server\ftp у самбы очень слехка едет крыша и она ведет себя не адекватно, так же как в не далеком прошлом с шарами типа \\server\bin и \\server\mail. За подробным оъяснением такого поведения Вам прямо в рассылки причем наверное разработчиков самбы. Как то так, не претендую на правильность мысли :D.
