А давайте сформулируем ещё раз, что хотим получить?
Например: у меня два монитора по 1280х1024 каждый. Имеются выходы на карте, именуемые VGA-0 и DVI-0 (это из моего xrandr вывода следует)
Основной монитор (LCD) исторически подключён к VGA-0, соответственно, второй цепляю на DVI-0
Я хочу, чтобы второй монитор (CRT — элекьтронно-лучевой) располагался слева:
xrandr --output DVI-0 --rate 75 --auto --left-of VGA-0
rate указываю, потому что оно у меня врёт по частоте иначе.
Итог:
$ xrandr
Screen 0: minimum 320 x 200, current 2560 x 1024, maximum 2560 x 1024
VGA-0 connected 1280x1024+1280+0 (normal left inverted right x axis y axis) 338mm x 270mm
1280x1024 60.0*+ 75.0 59.9
1152x864 75.0 74.8
1024x768 75.1 70.1 60.0
832x624 74.6
800x600 72.2 75.0 60.3 56.2
640x480 75.0 72.8 66.7 60.0
720x400 70.1
DVI-0 connected 1280x1024+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 312mm x 234mm
1280x1024 75.0*+ 59.9
1024x768 85.0 + 84.9 75.1 70.1 60.0 43.5
1152x864 75.0
832x624 74.6
800x600 84.9 72.2 75.0 60.3 56.2
640x480 84.6 75.0 72.8 66.7 60.0 59.4
720x400 87.8 70.1
S-video disconnected (normal left inverted right x axis y axis)
Ваша очередь описать, вы где-то рядом с решением :)