Практически, за редким исключением (hasher и т.п) все файлы в каталоге пользователя должны принадлежать ему, так-что в большинстве случаев прокатит
chown -R user: /home/user
(если это проблемы с правами).
Если-же это другие проблемы, то надо выявить их, и тогда уже конкретно разбираться откуда они появились.