Помогает, я всегда так делаю. Попробуйте сами, если мне не верите.
Автор вопроса хочет следующего:
1. Подключиться к удаленному компьютеру.
2. Запустить на удаленном компьютере графическое приложение так, чтобы его окно было видно на своем компьютере.
3. Запустить в приложении закачку.
4. Закрыть соединение, в частности, окно приложения должно исчезнуть со своего компьютера.
5. Закачка должна продолжить работать на удаленном компьютере.
Можете привести точную последовательность действий, приводящих к такому результату?