По всей вероятности, нужно отформатировать полностью весь жёсткий диск и заново установить все ОС. Предустановленная Win'7 создаёт в начале жёсткого диска область в 100 Мб для восстановления системы. Эту область нужно удалить, удалить всё разделы на винчестере, отформатировать его и заново установить всё.
Начать нужно с Win. Её устанавливаем как обычно, только лучше создать ещё диск D для хранения данных. Итого получаем следующие разделы: диск C, диск D и неразмеченная область. Затем устанавливаем Linux.
При инсталляции, в неразмеченной области, размечаем разделы вручную: создаём раздел boot (64-128 Мб), раздел swap (2048-4096 Мб), раздел /system (15-30 Гб) и всё остальное отдаём под раздел /home. При установке загрузчика указываем сам жесткий диск, напр. WD4050.