Ссылка на рабочем столе является ссылкой на desktop-файл в /usr/share/applications, у которого доступа обычному юзеру на изменение нет. Если нужно переименовать ярлычек на рабочем столе - берем нужный пунктик меню, тянем на рабочий стол, отпускаем и просим "Скопировать". С таким ярлычком можно делать что угодно.