Т.е. это не проблема звука как таковая - это проблема ваших семплов, которые вы не можете отфильтровать. Может стоит задуматься о более качественных источниках, более высокий битрейт, сжатие без потерь? Просто на Винде я использовал Apollo, а Альте меня Amarok за глаза устраивает.