Лучше тестировать именно установку пакетов, т.к. именно здесь ведётся работа. ds надобно предварительно обновить до сизифной версии, иначе тест будет некорректным (апт то последний используется), индексы повторно получать не требуется (раз в день достаточно, как правило). И сравнить установку какого-нибудь одного пакета [желательно с зависимостями, около десятка хотя бы] (сначала аптом поставить, время замерять, удалить ВСЕ устанавливаемые пакеты в тесте, потом повторить установку через ds). Условия нужны одинаковые в таком тесте, а если организованны не равные условия для тестов, то результаты всегда "врать" будут.