Так и не разобрался, поставил бинарную сборку с сайта.
PS: такая же ошибка со шрифтами вылазит довольно часто, например при такой команде :
[alexey@Core2Quad6600 ~]$ systemd-analyze plot > plot.svg
Fontconfig warning: "/etc/fonts/conf.d/50-user.conf", line 9: reading configurations from ~/.fonts.conf is deprecated.
[alexey@Core2Quad6600 ~]$