Да просто можно всё обычным cp (копированием) от root скопировать всё, кроме /proc , /dev и /sys на диск, который разбит анологично копируемому (по названиям разделов и точкам монтирования), только потом откорректировать /etc/fstab и настройки загрузчика (grub или lilo).
Для /proc, /sys и /dev просто оставить точки монтирования (пустые папки). Да, и для загрузчика инициировать прописание загрузочной записи через команду grub-install или lilo с нужными ключами и параметрами.