Если я правильно понимаю дать команды apt-get remove для них, затем подключиться к cert6 и заново установить.
Можно и так, но, только, в случае, если их можно удалить без последствий (сноса половины системы, к примеру). Лучше найти все обновлённые не оттуда пакеты, скачать их аналоги из cert6, затем вбить их в систему командой "rpm -U --force <список rpm-ок>. Но найти список просто только в том случае, если логи ещё живы.