Странные вещи у Вас творятся. Но проблемы могут быть и с несовместимостью железки и ядра.
У меня NAS сделан сейчас самопальный на интеловой mini-ITX матери с Atom 2800 внутри - там да, есть проблемы с видео, но я ее отключил, и все работает.
Греется только южник NM10 но он так и должен, я для надежности на него наклеил радиатор. вентиляторов там у меня ни одного, харда 2: один системный ssd, второй 1 Тб обычный. Скорость копирования по самбе - от 30 до 47 мб/сек для гигабитной сетки вполне близко к максимуму. по фтп до 11 мб/сек ( у меня 100мбит интернет)
Причем настраивалось все минут 20, включая установку (но так быстро -это из-за ssd).
Да забыл сказать стоит кентавр, профиль сервер - все по умолчанию.
Да, есть странности, при доступе по ftp из под винды изнутри сети скорость почему-то да падает до 12-14 мб, с кдесктопа 50 мб/сек. Здесь причину не знаю, с винды хожу через самбу.