Такая же фигня случилась на сервере, где пытался поднять домен (но тк сразу не получилось забросил). Сейчас домен как бы включен (только его другие компы не видят), пользователи в ldap редактируются, а с группами такая же ошибка.
На новой инсталляции, где домен не запускался и используются локальные учетки группы настраиваются.
АХ да. Ошибка появилась после смены пароля рута через консоль. ldap при этом напроч сломался что привело и к неарботоспособности самбы, но смена пароля через альтератор поставила все на свои места. Вот кроме настройки групп. Где-то пароль не изменился значит, и альтератор доступ к ldap получить не может.