Соображения:
1) при стандартном обновлении проблем с подхватом настроек из /etc/chromium быть не должно, в том числе и на 32-х битах (уже 4-ое обновление пережил, если не ошибаюсь), плагин поменял только после текущего обновления (обновил, если быть более точным, до этого пользовалась какая-то старая версия)
2) у вас не работает подхват настроек из /etc/chromium, по вашим словам, удаление этого файла ничего не меняет
3) права на /etc/chromium/default или структура файлов установки может быть нарушена
Предложения:
1) удалить полностью браузер (apt-get remove --purge chromium), удалить руками плагин из /usr/lib/browser-plugins, проверить отсутствие папки /etc/chromium, при наличии же папки (с файлами или без), снести её
2) apt-get clean && apt-get update && apt-get install chromium
3) повторить инструкцию по установке плагина, копировать и извлекать попробуйте под пользователем (на всякий случай перекачайте хром)
4) только лишь убедившись в том, что всё на своих местах (плагин и нужные параметры в /etc/chromium/default), запускать браузер и проверять наличие плагина
