И что на какой диск лучше разместить?
Вы бы лучше объяснили, что это за компьютер будет. Кроме того, вот вы говорите сервер, а у вас графический интерфейс - т.е. уже специфика какая-то есть... Будет дуалбут или не будет...
Например если домашний компьютер, это одна стратегия, если офисный другая, если сервер - то там тоже вариантов вагон.
Что за сервер? Какие данные хранит? Данные читаются, пишутся?
Данные это огромные файлы или десятки тысяч маленьких?
Чем точнее описание - тем точнее может быть совет.
А то сейчас каждый будет советовать исходя из своего опыта использования, а он может быть вам и не подойдет...