Ваша ошибка (ИМХО) не критическая, кажется и у меня такая была, но ntop работает. Посмотрите, может в логах еще что есть?
Вы перед запуском демона делали что-нибудь наподобие:
ntop -P /var/lib/ntop ?
p.s. sysadmins@lists.altlinux.org - рассылка ALT Linux затрагивающая вопросы системного администрирования. Как правило там больше шансов получить верный ответ на админские темы