Значит не в ней проблема. В некоторый версиях дистрибутива устанавливается эта программа резервного копирования и тоже может (если не используется по назначению но работает в фоне) "отжирать" свободное пространство.
запускаете например так
su -
cd /
du -x -d 1 -h
(из под рута, так как у пользователя не ко всем каталогам есть доступ, ругаться будет)
далее смотрите какой каталог занимает больше всего мета, заходите в него и запускаете уже там du -x -d 1 -h
Так потихоньку проймете что место занимает.. А потом уже можно будет начать думать что с этим делать.
Ну или хлопая <Ctrl><Space> в mc на каталоге можно узнать сколько он места занимает.