Я всё равно не понимаю достоинства модульной архитектуры
Ну давайте попробую обрисовать.
1. Неубиваемость. Системные изменения хранятся отдельно от системы по этому у модульных систем очень высокая живучесть. Вы можете сломать базу рпм, и даже удалить к примеру весь /bin после перезагрузки все будет работать.
2. Хранилищ с системными изменениями может быть несколько. Один профиль содержит софт для работы, второй для дома. Они не пересекаются и сломать дома рабочий профиль нельзя, опять же даже удалив /bin. Каталоги с изменениями могут подключаться инкрементно, тогда получаем систему отката до предыдущего состояния.
3. Сохранять можно только те каталоги, которые вам нужны. Например только хомяк.
4. Модульная система не обязательно состоит из модулей. Подключать в качестве слоев можно iso, img, обычные каталоги, сетевые папки (httpfs,cifs,ftp и так далее) То есть система может состоять одновременно из модулей исошников и сетевых папок. Все это объединяется в общую корневую систему и Ваш линукс даже не знает, что унего такая сложная корневая фс. (это не у всех модульных систем реализовано, но у нас в uird есть :)
https://github.com/neobht/uird/ )
5. Простота установки, скопировал папочки, установил загрузчик скриптиком и в путь.
6. Да много всего. Почитайте напрмер это, как раз альт+магос:
http://habrahabr.ru/post/270337/