Сейчас руками попробовал на двух маленьких файлах. Если копировать с ключом -R, а в качестве источника указать каталог, то cp копирует жёсткие ссылки лежащие в каталоге нормально. И да надо смотреть как копируются символические ссылки, вернее на что они будут указывать после копирования.