Вроде, лучше сначала систему обновить, а потом ядро.
На самом деле не всегда. Если новое ядро не заработает, легко загрузиться со старым. А вот если какой-нибудь новый udev откажется со старым ядром работать, то можно получить головную боль.
В общем, начинать можно как с ядра, так и с системы, по ситуации. Если же речь про обновления в пределах бранча, то, как правило, замена ядра не требует никаких дополнительных обновлений.