Я бы опустил apache2, поднял nginx, проверил, что это не грабли около :80, убедился, что nginx со статикой справляется сильно веселей (хотя скорее всего там и апач справляться без проблем должен), и оставил его...
Если всё-таки проблемы наблюдаются -- ещё раз прошёлся бы по нижнему уровню (mtr, lft, ifconfig | grep error), проверил, что не упирается в диски, а потом додумался сделать wget http://localhost/чтонибудь.там
